Το τελευταίο διάστημα ανακινείται πάλι το θέμα με τις οφειλές που υπάρχουν στην ΠΑΕ Ηρακλής και το γεγονός ότι ίσως βαραίνουν τον ΓΣ ή τον νέο Ηρακλή.
Μάλιστα φέρνουν σαν παράδειγμα την περιπέτεια του Μακεδονικού και την οδηγία της ΟΥΕΦΑ.
Η ευρωπαϊκή ομοσπονδία υποστηρίζει ότι οι οφειλές δεν μπορούν να διαγράφονται μονοκονδυλιά, αλλά συνοδεύουν ως «κληρονομιά» τους συλλόγους και στα χαμηλότερα επίπεδα. Αυτή η οδηγία επηρέασε πιθανότατα και την απόφαση του τακτικού Διαιτητικού Δικαστηρίου της ΕΠΟ το οποίο ακολούθησε τη γραμμή της UEFA σε αντίστοιχες περιπτώσεις.
Η ελληνική ομοσπονδία όμως βάλθηκε να «αδειάσει» ένα δικό της όργανο, καθώς σύμφωνα με πληροφορίες το ΔΣ έστειλε έγγραφο στο τακτικό Διαιτητικό Δικαστήριο ζητώντας να ακυρωθούν όλες οι αποφάσεις που υποχρεώνουν να πληρώσουν τα χρέη τους οι ΠΑΕ οι οποίες υποβιβάστηκαν και έχουν γίνει ερασιτεχνικές.
Το θέμα όμως είναι εντελώς διαφορετικό για τον Ηρακλή, γιατί απλά υπάρχει ένα διαφορετικό ΑΦΜ και δεν έχει καμία υποχρέωση. Έτσι δεν συντρέχει κανένας κίνδυνος για να μπλέξουν σε περιπέτειες και πολύ περισσότερο να πληρώσουν τα χρήματα που οφείλεται. Αυτά θα βαραίνουν τον τελευταίο μεγαλομέτοχο μετά την εκκαθάριση που θα γίνει.