Πέρσι τον Ιανουάριο η ομάδα έκανε τέσσερις μεταγραφές. Ηρθε ο Τέλης Καρασαλίδης που μακράν ήταν η καλύτερη επιλογή. Προστέθηκε στο ρόστερ ο Μάκης Γιαννίκογλου, που δείχνει ότι μπορει να βοηθησει την ομάδα. Ο Τσιλιγγίρης όπως ηρθε έφυγε , όπως επίσης και ο Καρακώστας
2010-11 Καλύτερα να μην έκανε μετεγραφές
Πέντε μετέγραφες ( καλύτερα να μην τις έκανε ποτέ) πραγματοποίησε ο Ηρακλής σε αυτή την περίοδο. Απέκτησε τον Σάνι Καϊτά που βοήθησε ελάχιστα, τον Μαχόπ που έδωσε πολλές λύσεις στο σκοράρισμα, επέστρεψε ο Επαλλέ, τον Ρόμπλές και τον Βιτκόφσκι
2009-10 : Ενίσχυση με Μάρα και Φερνάντεζ
Ούτε μια , ούτε δυο αλλά οκτώ μετέγραφες έκανε πέρσι το Γενάρη η ομάδα του Ηρακλή. Ήταν απαραίτητο να έρθουν παίκτες στην ομάδα την στιγμή που βρίσκονταν σε δύσκολη βαθμολογική θέση. Ξεχώρισε η απόκτηση του Μάρα αλλά και του Ντάνι Φερνάντεζ όπως επίσης και του γιαπωνέζου Κομπαγιάσι. Επέστρεψε ο Γκαρσία στην ομάδα , ενώ ηρθε και ο Ριμόλντι
Ήρθαν : Ντάνι Φερνάντεζ , Μαρκές , Βέρα , Μάρα, Καρλίνιος, Κομπαγιάσι, Γκαρσία , Ριμόλντι
Έφυγαν : Βουκοβιτς, Ντάλα Μπόνα ,Κοβαλεφσκι, Μπούρμπος, Φουφουλας,Ντιέ, Ντικά, Αγριτης.
2008-09 : Πενιχρή ενίσχυση
Μόλις δυο μεταγραφικές κινήσεις έγιναν από τον Ηρακλή και καμία δεν βοήθησε την ομάδα. Αποκτήθηκε ο Σάββας Εξουζίδης αλλά και ο σερβοβόσνιος Αλεξάντερ Βούkοβιτς. Από την άλλη μεριά ο Μιχάλης Κωνσταντίνου αποχώρησε από τον Ηρακλή με προορισμό την Ομόνοια , ενώ αρκετοί παίκτες δόθηκαν δανεικοί σε μικρότερες ομάδες.
Ήρθαν : Σάββας Εξουζίδης , Αλεξάντερ Βουκοβιτς
Έφυγαν : Αντρέας Κορίτσι, Μιχάλης Κωνσταντίνου , Φειδίας Παναγιωτου , Πιτσοκος (δανεικός) , Παναγιωτόπουλος (δανεικός) , Μοσχάκης( δανεικός) , Ασλανίδης (δανεικός),
2007-08 : Το λαχείο με τον Μάρκες
Ίσως η καλύτερη μετεγγραφή του Γενάρη μαζί με αυτή του Επαλέ έγινε με την απόκτηση του Φερνάντο Μαρκές. Ο Μανέλ Φερέρ είχε αναμιχτεί με τον Ηρακλή και τον έφερε στην Μίκρα μαζί με τον Ααρών Νίγκεθ. Όπως επίσης και αρκετοί βραζιλιάνοι ποδοσφαιριστές αλλά δεν υπήρξε κάτι το εξαιρετικό και για αυτό τον λόγο το καλοκαίρι έμειναν ελεύθεροι. Έχοντας βοηθήσει όμως την ομάδα να μην μπλέξει σε περιπέτειες
Ήρθαν : Μπρούνο Λέιτε, Φλάβιο Γκαρσία, Εντίνιο, Μάρκες , Τσάβι Μόρο, Λουτσιάνο Φονσέκα, Ααρών Νίγκεθ
Έφυγαν : Ζμπόντσακ , Εμερσον, Μαρίνκοβιτς, Μπίνιο, Νικολόπουλος, Μπένκο, Τσίνεγκε, Ροντρίγκο Τόσι,
2006-07 : Βοήθησε ο Σίσιτς
Η ομάδα κινδύνευε και έπρεπε να γίνουν μετέγραφες. Ποιος θα τις έκανε όμως. Δεν υπήρχαν χρήματα και ελάχιστες επιλογές. Ο Σίσιτς που αποκτήθηκε έδωσε τις απαραίτητες λύσεις ερχόμενος δανεικός από τον Λεβαδειακό. Ο Αλιούτα μαζί με τον Σάμπιν Ίλιε δεν πρόσφεραν τα αναμενόμενα. ΟΙ αλβανοί Κράγια και Λίλα έφυγαν όπως ήρθαν και ο Φιλίπκο αποτέλεσε μια σημαντική ενίσχυση στην θέση του τερματοφύλακα. Είχαν φύγει ο Επαλέ με προορισμό την Μπόχουμ, ο Γεωργιάδης που ήθελε να επιστρέψει στον ΠΑΟΚ και ο κύπριος Αλέκου.
Ήρθαν : Αντί Λίλα Μίροσλάβ Φιλίπκο, Μίρνες Σίσιτς , Μάριαν Αλιούτα, Σάμπιν Ίλιε, Ερβις Κράγια,. Τάσος Δέντσας, Γιάννης Χλωρός,
Έφυγαν : Ζοέλ Επαλέ, Σουλίδης ( δαν. Πανσερραϊκό), Αλέκος Αλέκου, Γιωργος Γεωργιάδης
2005-06 : Εσωτερικές μετέγραφες
Η ομάδα πήγε σαν τρένο στο πρωτάθλημα και δεν είχε ανάγκη από μεταγραφική ενίσχυση. Αντί για αυτό ο Σάββας Κωφίδης επέλεξε να προώθησε νεαρούς παίκτες από την Β΄ ομάδα και όπως αποδείχθηκε ήταν μια πολύ καλή κίνηση . Στις αποχωρήσεις υπάρχει η πώληση του Παντελή Καπετάνου στην ΑΕΚ.
Ήρθαν : —
* Προωθήθηκε στην επαγγελματική ομάδα στις 31 Ιανουαρίου ο Μανόλης Παπαστεργιαννός
Προωθήθηκαν στις 23 Μαρτίου στην επαγγελματική ομάδα : Ιωαννίδης, Γιάννης Παπαδόπουλος, Δημήτρης Γιάντσης
Έφυγαν: : Παντελής Καπετάνος , Κελπέκης Χρήστος , Αλεμάο,
2004-05 : “Λαβράκι” με Επαλε
Ήταν μια σεζόν όπου η κατάσταση στον Ηρακλή στα διοικητικά . Ο Σπανουδάκης είχε πετάξει λευκή πετσέτα. Η προσωρινή διοίκηση ξεκίνησε τις προσπάθειες και βρήκε το λαβράκι που ακούει στο όνομα του Ζοέλ Επαλέ. Καλή ήταν και η επιλογή του Φορτούζι που ξελάσπωσε την ομάδα σε αρκετές περιπτώσεις.
Στον αντίποδα υπήρξε μια ξεσκαρτάρισμα των κυανόλευκων από μεταγραφικές κινήσεις που είχαν γίνει το καλοκαίρι. Έφυγαν πολλοί παίκτες που δεν είχαν βοηθήσει και έπρεπε να αποτελέσουν παρελθόν.
Ήρθαν : Τζιακομο Κίνι , Ζοέλ Επαλέ, Ιντγριντ Φορτούζι,
Προωθήθηκε στην επαγγελματική ομάδα στις 10 Δεκεμβρίου ο Νίκος Σουλίδης.
Έφυγαν: Φελίξ Γκαρσία, Τάσος Κουκουλέκης ( Δαν. Παυλο Μελά), Κώστας Νεμπεγλέρας,. Γκεόργκι Μουζάκα , Μάρτσιν Μίετσελ, Μπέπε Σινιόρι, Μέλβιν Χολφαιν
* Ο Κουχάρσκι αποχώρησε στις 20 Αυγούστου από την ομάδα
2003-04 : Σουηδική ενίσχυση
Λύσεις από την Σκανδιναβία και συγκεκριμένα από την Σουηδία βρήκαν στην ομάδα του Ηρακλή σε αυτή την περίοδο. Ο Μάτς Γινγκμπλάντ που είχε αναλάβει την ομάδα έφερε στους «κυανόλευκους» τον Σελάντερ που έφυγε από τον Άρη αλλά και τον Κένι Μπακιρτσίογλου. Ο τελευταίος έκανε στην συνέχεια μεγάλη καριέρα αλλά στον Ηρακλή δεν τον άφησαν να δείξει το ταλέντο του. Πέρα από τους σκανδιναβούς αποκτήθηκε και ο Στεφανής που δεν είχε την ανάλογη προσφορά στην ομάδα.
Ήρθαν :Κώστας Στεφανής , Μάγκνους Σελάντερ, Κένεντι Μπακιρτσίογλου
Έφυγαν :
2002-03 : Προωθηση του Λαγού
Καμία μεταγραφική κίνηση δεν είχε πραγματοποιήσει η ομάδα του Ηρακλή. Η διοίκηση τότε έκρινε ότι δεν χρειάζονταν ενίσχυση και μοναδική κίνηση ήταν η προώθηση του Παναγιώτη Λαγού στην επαγγελματική ομάδα.
Ήρθαν :
Έφυγαν Γιάννης Σαμαράς ( Δαν. Λύκοι). Χρήστος Στόλιος ( δαν. Καβάλα)
Προωθήθηκε στην επαγγελματική ομάδα την 1η Φεβρουάριου ο Παναγιώτης Λαγός
