Έντεκα φορές βρέθηκαν αντίπαλοι στον θεσμό του κυπέλλου Ηρακλής και Παναθηναϊκός. Οι «κυανόλευκοι» μετρούν τρεις προκρίσεις και ο Παναθηναϊκός οκτώ. Δυο προκρίσεις κρίθηκαν στην παράταση.
23/01/02 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (2-0) 2-1
16/01/02 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (1-0) 1-0
18/03/98 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (0-0) 3-0
04/03/98 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (2-1) 2-1
11/12/96 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (2-0) 3-0
27/11/96 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (0-1) 0-1
16/03/94 Παναθηναϊκός – Ηρακλής 3-0
02/03/94 Ηρακλής – Παναθηναϊκός 0-0
27/01/93 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (0-0) 1-0
13/01/93 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (0-0) 0-2
07/03/90 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (1-0) 3-0
14/02/90 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (3-1) 6-1
27/05/87 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (1-1) 2-3
06/05/87 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (0-0) 0-0
24/02/82 Παναθηναϊκός – Ηρακλής 20211 (0-0) 1-0 κ.α., 3-1 παρ
03/02/82 Ηρακλής – Παναθηναϊκός 18000 (1-0) 1-0
12/05/76 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (2-2) 3-2
28/05/75 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (1-1) 1-2
27/04/60 Ηρακλής – Παναθηναϊκός (0-0) 0-1
19/03/50 Παναθηναϊκός – Ηρακλής (0-0) 0-0 κ.α., 1-0 παρ
