Πριν από δυο χρόνια ο Νικος Παπαδόπουλος κλήθηκε να αναλάβει τον Ηρακλή, καθώς είχε λυθεί η συνεργασία με τον Γκιγιέρμο Όγιος.
Ξεκίνησε με τρεις διαδοχικές ισοπαλίες ( Αιγινιακό, Ολυμπιακό Βόλου και Κέρκυρα) και ακολουθησαν δυο νίκες εκτός έδρας με Φωστήρα και εντός έδρας με Νίκη Βόλου. Στις κρίσιμες αναμετρήσεις με Ψαχνά και Χανιά έμεινε στην ισοπαλία στο Καυτανζόγλειο και χάθηκε η άνοδος. Στην τελευταία συνέντευξη Τύπου είχε πει ότι ο Ηρακλής θα τα καταφέρει του χρόνου και δικαιώθηκε.
Για να συμβεί όμως αυτό υπήρξε ένα θερμό καλοκαίρι. Ο Θόδωρος Παπαδόπουλος έδωσε την ομάδα στον Σπύρο Παπαθανασάκη και έτσι ξεκίνησε μια νέα σελίδα στον Ημίθεο. Ο Ηρακλής κατάφερε να δημιουργήσει ένα καλό σύνολο και μπήκε φουριόζος στο πρωτάθλημα με πέντε διαδοχικές νίκες. Από την αρχήξ ήταν στην κορυφη της βαθμολογίας και εκει τερμάτισε, εξασφαλίζοντας και τυπικά την άνοδο του στην Σουπερ Λίγκ, μαζί με την ΑΕΚ στα πλειφ
Η χρονιά ήταν εξαιρετική με τον Ηρακλή να φτάνει στα ημιτελικά του κυπέλλου Ελλάδος έχοντας αποκλείσει Λεβαδειακό , Πλατανιά, πανηγυρική πρόκριση μέσα στην Τρίπολη με νίκη με 0-1 και πρόκριση στα ημιτελικά του θεσμού, καθώς απέκλεισε τον πανιώνιο μέσα στην Νέα Σμύρνη στα πέναλτι. Μεγάλος καημός του ο αποκλεισμός από τον τελικό, από την Ξάνθη με ήττα στο Καυτανζόγλειο και ισοπαλία στην Θράκη.
Ο Ηρακλής επέστρεψε με τον Νίκο Παπαδόπουλος την Σουπερ Λίγκ και ξεκίνησε η τρίτη του σεζόν στην ομάδα. Οι δυο ήττες στο Καυτανζόγλειο στο ξεκίνημα της σεζόν, ακόμα τον στοιχειώνουν, καθώς όπως φάνηκε στην συνέχεια κόστισε στην ομάδα. Συνολικός απολογισμός οκτώ νίκες , έντεκα ισοπαλίες και έντεκα ήττες με τον Ηρακλή να τερματίζει δωδέκατος.
Στο κύπελλο προκρίθηκε εύκολα από τον όμιλο απέκλεισε την Βέροια , αλλά δεν μπόρεσε να ξεπεράσει το εμπόδιο της ΑΕΚ.
Αναλυτικά η παρουσία του σε πρωτάθλημα και κύπελλο για τον Νίκο Παπαδόπουλο
2013-2014 Ηρακλής 11 (02-06-03) 11 (02-06-03)
2014-2015 Ηρακλής 34 (23-07-04) 11 (04-04-03)
2015-2016 Ηρακλής 30 (08-11-11) 6 (03-01-02)
Συνολικός απολογισμός 40 νίκες , 29 ισοπαλίες και 23 ήττες
