Πέρα απο την κλήρωση του νέου πρωταθλήματος έγινε και η κλήρωση για το Κύπελλο όπου ο Ηρακλής θα κληθεί να αντιμετωπίσει τον ΟΦΗ στο Ιβανώφειο. Ο νικητής θα αντιμετωπίσει την Κηφισιά.
Αναλυτικά η κλήρωση του κυπέλλου και οι ημερομηνίες διεξαγωγής της έχουν ως εξής:
Α Φάση (Σάββατο 14/09/2013)
1. Ερμής Λαγκαδά – Αγία Παρασκευή
2. Ίκαροι Σερρών – Ψυχικό
3. Φιλαθλητικός – Παγκράτι
4. Αρκαδικός – Φίλιππος Βέροιας
5. Λαύριο – Καβάλα
6. Ηρακλής – ΟΦΗ
7. Κόροιβος Αμαλιάδας – ΑΕΚ
Β Φάση
1η αγωνιστική (Σάββατο 21/09/2013)
8. Ν4 – Πανελευσινιακός
9. Ν7 – Κολοσσός Ρόδου
10. Ν6 – Ν. Κηφισιά
11.Ν1- Ηλυσιακός
12. Ν5 – ΚΑΟΔ
13. Ίκαρος Χαλκίδας- Τρίκαλα
14. Ν2 – Ν3
*Ο Απόλλων Π. κατόπιν κλήρωσης θα περάσει στην επόμενη αγωνιστική χωρίς αγώνα.
2η αγωνιστική (Σάββατο 28/9/2013)
15. Ν11 – Ν13
16. Ν8 – Ν10
17. Απόλλων Πατρών – Ν14
18. Ν9 – Ν12
3η αγωνιστική (Σάββατο 5/10/2013)
19. Ν15 – Ν17
20. Ν18 – Ν16
Γ Φάση/Προημιτελικοί (Τετάρτη 9/10/2013)
21. Ρέθυμνο – Παναθηναϊκός
22. Πανιώνιος – Ν20
23. Ν19 – Ολυμπιακός
24. ΠΑΟΚ – Άρης